Эпизод 1-й: Оби Ван падает в воду насколько я помню с активированным мечом, и он то ли ломается, то ли разряжается. точно не помню.

Игры серии Jedi Knight: Когда активированный меч попадает в воду, он выключается.

Мультсериал Clone Wars: Кит Фисто активирует меч под водой, и дерется им под водой (битва на мон каламари).

Так может ли световой меч работать под водой? либо он работает только тогда когда активируется непосредственно под водой? У кого какие соображения?

Да не, ни фига. Если посмотреть с чисто технической точки зрения, то клинок светового меча образуется с помощью силового поля, регулирующего длину и размер лезвия. В воздушной среде это поле имеет достаточную плотность, чтобы удерживать форму клинка и пропускать сквозь себя физические предметы - тела врагов, пули, стены-двери, чтобы лезвие их разрезало... В более плотной водной среде требуется более плотное силовое поле, чтобы вода не реагировала со световой дугой, и непроницаемая рукоять, таким образом световой меч можно настроить на работу под водой. Данный способ используется в основном водоплавающими расами, в частности Китом Фисто.
Это мои выводы, подкрепленные офицальными сорсами.