(Ответ был написан практически сразу — но я его, оказывается, забыл выложить)
По мере увеличения размеров флотского соединения будут резко возрастать сложность командования флотом, сложность логистики как снабжения, обслуживания и ремонта, так и самих боевых кораблей, будет ухудшаться связность действий и устойчивость соединения к ошибкам в цепочке командования, логистические цепочки из-за их количества, концентрации и сложности/протяжённости (грубо говоря, один ИЗР можно снабжать и обслуживать и с помощью ближайшего промышленно развитого мира — а вот для тысячи понадобится столько материальных ресурсов, что придётся выстраивать логистические цепочки со всего сектора) станут намного уязвимей, значительно снизится возможность флота быстро и эффективно реагировать на резко меняющуюся обстановку. Наверняка какие-то лежащие более-менее на поверхности аспекты были мною забыты — но общая суть проблем с концентрацией огромных сил понятна и так.

При этом повстанцы используют тактику "ударь и убеги" малыми соединениями и осуществляют диверсии и теракты, так что, сконцентрировав стопиццот дредноутов для генерального сражения и оголив для этого ряд ключевых направлений, откуда были сняты стянутые в единый флот ЗРы, — никакого профита от такой концентрации сил и траты ресурсов имперское командование не получит (противник просто не будет попусту концентрировать силы — если у нас, конечно, не новый канон с судьбой галактики, решающейся в битве в очередной раз изображённых репульсорными дирижаблями звездолётов в нижних слоях атмосферы Джакку), зато получит кинжальные удары по оголённым системам, лишённым защиты современных дредноутов (в том числе, при необходимости, своими современными дредноутами, которые у повстанцев есть, пусть и в малом количестве).

Ну а после Эндора боеспособность того, что осталось от ГИ, очень подкосили всеобщий хаос, распад и постапок. Развалились предприятия, распались логистические связи, растерялись возможности для поддержания боеспособности и работоспособности машин (не говоря уже о постройке новых), стало недоставать квалифицированных кадров и т. п. Междоусобица между многочисленными самопровозглашёнными варлордами, их самодурство, некомпетентность и коррумпированность — многократно усугубили и без того дерьмовую ситуацию, поскольку эти упыри превращали доставшиеся им силы в рассадник как внутренних, так и внешних процессов общественной энтропии. Ну а когда всё мало-мальски стало устаканиваться — начало внезапно обнаруживаться, что воевать зачастую уже нечем и некому.