Действие якобы развернется год спустя после нападения Альтрона. В архивах "Щ.И.Т.а" находятся описания Битвы за Нью-Йорк, проделок Мандарина, вторжения Темных эльфов, буйства Халка в Африке и Альтрона в Соковии.

Публика негодует ущербу, в связи с супергероями. Тони Старк (Роберт Дауни-младший) решает прекратить работу Железного человека и заняться благотворительностью, чтобы искупить вину.

Капитан Америка (Крис Эванс) возглавляет команду новых Мстителей, куда входят Черная вдова (Скарлетт Йоханссон), Сокол (Энтони Маки), Воитель (Дон Чидл), Алая ведьма (Элизабет Олсен) и Вижен (Пол Беттани). Они собираются добить остатки "Гидры" и найти Баки Барнса (Себастиан Стэн). Команде помогает Ник Фьюри (Сэмюэл Л. Джексон).

Новые Мстители срывают наркосделку и возвращают часть оружия из вибраниума. В новой штаб-квартире герои выясняют отношения. Черная вдова становится правой рукой лидера, Сокол и Капитан Америка радуются своей дружбе. Сокол по-дружески соперничает с Воителем, поскольку оба служили в ВВС.

Кэп учит Ванду обращаться с ее суперсилой и помогает отойти от утраты Пьетро (Аарон Тейлор-Джонсон). Вижен развивает свое сознание. Фьюри сообщает о гибели членов "Гидры" от рук Баки, но не хочет, чтобы это предали огласке вместе с данными "Гидры".

Первое появление Человека-паука связано с отловом мелких преступников. В Конгрессе продвигают Акт о регистрации супергероев. Старк и Т'Чалла (Чедвик Боузман) посещают заседание. Черная пантера рассказывает о проблемах Ваканды и опасности вибраниума после нападения Альтрона. ООН пытается взять под контроль добычу минерала, но Пантера уверяет, что этот ресурс принадлежит его народу, что приводит к дискуссии.

Кэп и Старк обсуждают Акт регистрации. Старк его поддерживает, а Кэп выступает против. В логове "Гидры" барон Земо (Даниэль Брюль) убивает тех, кто его подвел.

С ним уже Кроссбоунс (Фрэнк Грилло). Земо отмечает, что наказывает подчиненных не за дела, а для устрашения и запускает свой план.

Получая наводку, Баки приезжает в локацию "Гидры" в Лондоне, где на него нападают наемники, поскольку он угодил прямо в ловушку. Схватка переходит на улицу, и происходит взрыв, устроенный Кроссбоунсом, в котором решили обвинить Баки. Тот причиняет жертвы и разрушения. Баки исчезает, а Мстители должны разобраться с последствиями.

Общество негодует, Акт о регистрации героев быстро одобряют, Старк его поддерживает, узнав из архивов "Щ.И.Т.а", что Баки убил Говарда Старка и желая мести.

На своей ферме Соколиный глаз (Джереми Реннер) подвергся нападению Кроссбоунса, убившего его жену. Героя пытают в логове "Гидры", надеясь узнать информацию о секретных данных Фьюри, к которым имеет доступ только Бартон, но тот не сдает союзников.

Кэпа (Крис Эванс) вызывают в офис Старка (Роберт Дауни-младший). Там он встречает сотрудника ЦРУ - Питера Джирича. [Не его ли играет Мартин Фриман - прим. GameScope]. Питер - из Лондона, работает вместе с Шэрон Картер (Эмили ВанКэмп).

Они сообщают, что Акт принят, а Кэп и его команда должны сдаться. Тот отказывается. Старк пытается убедить Стива подчиниться, говорит, что им нужно выследить Баки, а Кэп того защищает, поясняя, что Баки невиновен, что он был под чужим контролем и нуждается в помощи. Джирич приказывает военным захватить Кэпа, но тот убегает.

В штаб-квартире Мстителей Кэп рассказывает остальным про случившееся. Он спорит с Черной вдовой (Скарлетт Йоханссон), что не видит ничего плохого в регистрации. Они ругаются, но нападают военные, и Кэп сбегает с Соколом (Энтони Маки), Вандой (Элизабет Олсен), Виженом (Пол Беттани). Наташа и Воитель (Дон Чидл) решают поддержать Акт.

Фьюри укрывает Мстителей в безопасном месте. Старк агитирует Человека-паука поддержать Акт. Тот раскрывает ему свою личность. Тони удивлен, что этот герой - совсем молодой юноша. Они сближаются, Питер рассказывает ему про трагедию с дядей Беном, напоминает, что с большой силой должна прийти и большая ответственность.

Старк публично представляет свою команду на ТВ, а Кэп и его союзники получают статус разыскиваемых беглецов. Они пытаются найти Баки (Себастиан Стэн) до Старка.

Фьюри помогает выследить Баки, но команда Кэпа попадет там в ловушку Старка, что приводит к схватке. На Тони - новая броня Bleeding Edge, Вижен его сдерживает. Алая ведьма сражается с солдатами и Человеком-пауком, Сокол с Воителем, Кэп с Черной вдовой. Последняя пытается объяснить Кэпу свою точку зрения.

Алая Ведьма прикрывает героев достаточно долго, чтобы те успели выбраться с места сражения и отправиться к Фьюри. Тот поясняет, что Наташа подстроила им ловушку в поисках Баки, исказив разведданные.

Кэп больше не хочет никого подставлять, но все решают ему помогать и не оставляют одного. Воитель рассказывает Старку о силе оружия из вибраниума, добытого у "Гидры". Джирич отчитывается начальству. Лидера Ваканды обвиняют в угрозе мировой стабильности за отказ предоставить доступ на территорию страны. Напряжение нарастает.

Баки узнает про историю с вибраниумом и поднимает старые связи. Он находит старое убежище "Гидры", где хранятся запасы минерала, украденные из Ваканды и распределяемые по базам организации для производства оружия. Старк выслеживает Баки и пытается поймать.

Завязывается схватка, Баки приходится нелегко, но ему удается сбежать. Он следует к убежищу Стива, не имея другого выхода. Это место ему помогают найти архивы "Щ.И.Т.а", в которых он основательно покопался.

Новые Мстители принимают его к себе, подлечивают. Стив и Баки, наконец, говорят по душам и понимают, что они - не враги, они обсуждают планы Земо (Даниэль Брюль). Старк докладывает властям о краже запасов вибраниума "Гидрой" для производства оружия. Т'Чалла (Чедвик Боузман) уверяет, что справится с этим сам, но чиновники приказывают Джиричу отправить Мстителей в Ваканду и напасть на Черную Пантеру.

Старк без особого энтузиазма соглашается, Шэрон спорит с Джиричем о его полномочиях и тайно докладывает о новой информации Нику Фьюри по секретной линии связи, также передавая данные Стиву, потому что верит в него больше, чем в правительственных Мстителей.

Соколиный глаз (Джереми Реннер) сбегает из тюрьмы Земо (Даниэль Брюль).

Мстители Старка прилетают в Ваканду, чтобы забрать вибраниум и вступают в конфликт с местными военными, хотя пытаются решить дело миром.

Мстители Роджерса хотят им помешать вызвать международный конфликт. Они ищут базу "Гидры", куда доставляется минерал. Случается новая схватка, Мария Хилл (Коби Смолдерс) оказывается предательницей в лагере Старка, она выводит из строя его броню Bleeding Edge, чем уравнивает шансы Стива и Тони в их дуэли.

Другие Мстители дерутся друг с другом, бой происходит на улицах. Стив видит, как герою бьют друг друга, только Человек-паук отделился и начинает спасать простых людей. Стив понимает, что Мстители сражаются за себя, а не за людей, и им нужно объединиться, чтобы вместе остановить "Гидру". Наташа согласна поддержать Кэпа, хотя не во всем была согласна с ним насчет Тони.

Герои понимают, что вместе они сильнее и полезнее людям. Т'Чалла (Чедвик Боузман) вмешивается в качестве Черной пантеры и готов помочь союзниками в борьбе с Гидрой. Он хочет мира между Вакандой и Америкой.

База "Гидры" оказывается ловушкой Земо, где Мстители должны были поубивать друг друга. Соколиный глаз находит Фьюри и раскрывает убежище Земо в Швейцарии. Мстители отправляются туда и соединяются с Бартоном в большой атаке на лагерь Земо. Тот обороняется, вооружив охрану оружием из вибраниума и из материалов, собранных после битв с Читаури и Альтроном.

Происходит жестокий бой. Соколиный глаз нападает на Кроссбоунса (Фрэнк Грилло) и убивает его четырьмя стрелами - по одной за каждого погибшего члена семьи Бартона. Черная пантера уничтожает своих противников вокруг. Ванда научилась управлять своими способностями, она перестраивает атомы в орудиях "Гидры", отнимая у них особые силы и помогая Мстителям выводить их из строя одно за одним.

Кэп и Баки вместе нападают на Земо. Тот защищается мечом из Вибраниума и еще представляет угрозу. Его побеждают. Баки хочет убить Земо, но решает пощадить, доказав, что он - не убийца на службе "Гидры", которой организация хотела его видеть.

Земо (Даниэль Брюль) и его люди взяты в плен и отправлены в тюрьму. Старк (Роберт Дауни-младший) скачивает координаты всех уцелевших баз "Гидры". Военные отправляются с ними разбираться и арестовывать оставшихся руководителей организации, забирая оружие и технологии.

Мстители Стива Роджерса (Крис Эванс) еще объявлены в розыск, но Старк решает дать им уйти. Фьюри (Сэмюэл Л. Джексон) и некий Джейсон [возможно, опечатка источника - прим. GameScope] обеспечивают их новыми именами и документами, сменив личность, чтобы те могли залечь на дно. Вижен (Пол Беттани) решает покинуть Землю, Кэп собирается сдаться и отдает щит Баки (Себастиан Стэн), чтобы он всегда помнил, кем является, - героем.

Кэпа арестовывают. Бартон (Джереми Реннер) узнает, что его дети пережили нападение Кроссбоунса и уезжает к ним растить их уже без супруги. С ним едет Ванда (Элизабет Олсен), Соколиный глаз намерен присмотреть за ней.

Наташа (Скарлетт Йоханссон) и Воитель (Дон Чидл) готовы следовать за Старком на новые задания. Фьюри снова исчезает, на этот раз вместе с Марией Хилл (Коби Смолдерс).

Питер Паркер или Человек-паук понимает, что не предназначен для участия в войнах, а хочет жить у себя на районе и защищать простых людей. Старк разрешает ему заняться любимым делом и стирает информацию о нем из базы данных о супергероях.

Старк бросает финальный вызов агенту Джиричу и представляет доказательства его обвинений во взятках, в связи с принятием Акта о супергероях. Джирич попадает под следствие, и его место занимает Шэрон Картер (Эмили ВанКэмп).

Старк навещает Кэпа в тюрьме, они мирно разговаривают и улаживают последние разногласия. Его посещает и Наташа, с которой они обсуждают уже другие вещи. Земо заперт в тюрьме Рафт. Баки продолжает геройское дело.