Лично я считаю, что что в душе Энакина в этот момент царил полнейший хаос, и тут смешались многие причины. Но в первую очередь я бы всё-таки выделил второе и четвёртое. Ведь если вспомнить эп.3, он страшно боялся потерять Падме, а с другой стороны начал всерьёз сомневаться в Ордене. Но это только моё мнение. Интересно было бы услышать ваше.

Мой ответ-всё сразу.
1).Магистр Винду,по сути зам Йоды,завис с мечом над безоружным канцлером,а значит нарушил кодекс.А ведь все эти напыщенные мастера учили его что так делать нехорошо.Так что это обрушило некий идеал в его душе.Винду весьма логично показал,что все джедаи равны перед кодексом,но некоторые равнее.
2).Отсюда следует и второе.Как никак Палпатин был тогда Верховным Канцлером,избранным Сенатом,а заодно и верховным главнокомандующим.В глазах Энакина это действительно выглядит как измена.Да и почему только выглядит?Ей и является!Какое право у Винду было свергать Канцлера?Будь Палпатин даже педонекрозоофилом-сатанистом у него нет такого права.Значит это тоже внесло свою лепту.
3).После всего этого он просто не мог оставаться на СС.В чём же эта светлость?В том что парой часов позже Оби-Ван оставит его заживо гореть в лаве?Или может в том что Орден решил свергнуть правительство,которому поклялся служить?
4).Ко всему этому накладывалась его боязнь потерять Падме.Орден предлагал ему забыть всё и ещё порадоваться за "родных, в Силу уходящих".А тут Палыч с утешением.Выходит что только ситх подумал разобраться в Энакине.А у ордена на всё один ответ:плюнь на всё,используй Силу.Ну и кому нужнее оказался Энакин?
Вот такая комплексная проблема.